Стены и потолки имеют коррозионные желоба и каверны, пол глиняный. Место расположения пещеры — зона активного карста. По дороге к пещере есть немало карстовых воронок. В некоторых из них образовались небольшие болота, а другие наполнены чистой водой. Около пещеры виднеется суходол подземного ручья Сагылелга. В местных породах можно найти окаменевших моллюсков. Флора озёр в воронках очень разнообразна: камыш, ряска, кубышки, кувшинки и многие другие виды растительности.
Вокруг пещеры степь с произрастанием многих редких видов растений: ковыль Коржинского, ковыль перистый, тонконог жестколистный, копеечник крупноцветковый, парнолистник перистый и др. Летом на маленькие озера прилетают стаи уток и чаек.

Согласно народным преданиям, в этой горе когда-то давно скрывались соратники по борьбе с имперской властью — Салават Юлаев и Емельян Пугачев. Степь, окружающая пещеру, растет в этих местах веками, о чем свидетельствуют редко встречающиеся реликтовые растения. В настоящее время она несет свои воды параллельно бывшему подземному руслу. Выйдя на поверхность земли, река протекает по лежащей рядом степной долине. Главный ход постепенно сужается по мере продвижения вглубь горы. Его завершает расщелина, имеющая клиновидную форму и резко уходящая вверх. Несмотря на то, что внутри пещеры уже давно не текут речные потоки, ее дно по прежнему покрыто слоем влажной и вязкой глины. Мягкая порода приносит неудобство путешественникам и исследователям, так как по ней скользко ходить и можно запачкать одежду. Специалисты присвоили Карламанской пещере статус эталонного природного объекта, образованного в результате циркуляции подземных водных потоков. Ценная для исследователей, подземная полость в скале была образована посредством поглощения водного потока с поверхности суши.Вокруг этого природного памятника Башкортостана до сих пор можно наглядно изучать процессы активных карстовых процессов. Хорошо сохранилось русло реки, образовавшей основной проход пещеры. Среди горных город встречаются ископаемые окаменелости.