Озеро относится к бассейну реки Салдыбаш, является сточным. Питается за счёт источника, образованного в породах самарского и артинского ярусов нижней перми. Из-за небольшой глубины и идеальной прозрачности родниковые выходы на дне даже можно рассмотреть — это четыре тёмных углубления. Эти же источники определяют и температуру водоёма, он не прогревается, несмотря на размер. Даже летом его температура составляет не более 10°C. Но благодаря этому озеро и не промерзает — те же подводные ключи обеспечивают круглогодично стабильную температуру. И именно зимой отдельных любителей моржевания водоём привлекает как единственный доступный в этом районе объект для купания.
В Зянгяр Куль практически нет жизни, что обеспечивает его кристальную чистоту. Прямо из озера выходит довольно широкий ручей, который примерно через 90 метров впадает в реку Узень. По этому пути в озеро могла бы попасть разная живность, но вода в нем непригодна для существования большинства организмов. Специалисты предполагают, что изначально форма озера была идеально круглой, что свойственно карстовым озёрам. Необычные очертания формировал, судя по всему, обвал берегов. Они рушатся и в настоящее время. Для предупреждения этого процесса в начале 2012 года было проведено искусственное укрепление берегов и трамбовка грунта, поэтому территория безопасна.
Стоит отметить, что на территории заповедника в 2023 году открыли термальный комплекс с одноименным названием. С одной стороны привлекаются туристы, с другой администрация комплекса ухаживает за территорией и облагораживает знаменитое незамерзающее озеро.